Sekundárne rastlinné látky sa nachádzajú zväčša vo vrchnej vrstve plodov, napríklad v šupke. Ich úlohou je pôsobiť proti škodcom a rastlinu chrániť. Výnimku tvorí mrkva, ktorá má tieto látky uložené vnútri koreňa. Najmä v ovocí a zelenine. Sekundárne rastlinné látky, podobne ako vláknina, patria k bioaktívnym látkam. Možno ich rozdeliť zhruba na štyri skupiny:
Karotenoidy sú dôležité pri určovaní farebnosti rastlín a často sa nachádzajú v červených, žltých a zelených plodoch (brokolica, hlávkový šalát, mrkva). Majú protirakovinové účinky a obsahujú antioxidanty (chránia pred voľnými radikálmi).
Sulfidy sú síričité zlúčeniny, ktoré obsahuje najmä cesnak, cibuľa a pór. Zabraňujú rozmnožovaniu baktérií a vírusov a podporujú imunitný systém.
Flavonoidy sa pri varení vyplavujú do vody, pretože vysoká teplota na ne nemá vplyv. Takže vývar môžete použiť na omáčku. Flavonoidy obsahuje zelená fazuľka, kel a červená cibuľa.
Glukozinoláty dodávajú horčici, chrenu, hlúbovej zelenine a paštrnáku osobitnú príchuť. Majú protirakovinové účinky.